Effects of Pre-analytical Variables on Cell-free DNA Extraction for Liquid Biopsy
액체생검을 위한 세포유리 DNA 추출에 검사 전 변동요인이 미치는 영향
- 주제(키워드) Cell-free DNA , Extraction , Storage , Container , EGFR
- 주제(기타) 의약학
- 설명문(URI) https://www.kci.go.kr/kciportal/ci/sereArticleSearch/ciSereArtiView.kci?sereArticleSearchBean.artiId=ART002449756
- 등재 KCI등재
- 발행기관 대한진단검사의학회
- 발행년도 2019
- 총서유형 Journal
- URI http://www.dcollection.net/handler/ewha/000000169729
- 본문언어 영어
- Published As https://doi.org/10.3343/lmo.2019.9.2.45
초록/요약
배경: 세포유리 DNA (cell-free DNA, cfDNA) 추출 과정은 cfDNA와 연관된 분자진단 검사의 질을 결정하는 중요한 단계이다. 저자들은 검체 용기 종류와 검체 보관 조건이 cfDNA 추출에 미치는 영향에 대해 평가하였다. 방법: 다섯 명의 건강인과 다섯 명의 폐암 환자를 대상으로 MagMAX Cell-Free DNA 추출 시약을 사용하여 cfDNA를 추출하였다. K2-EDTA 항응고제가 첨가된 검체 용기는 채혈 후 즉시 혈장을 분리하였고, 냉장 상태에서 <1, 6, 24, 48시간 동안 혈장을 보관한 후 cfDNA를 추출하였다. cfDNA 전용 검체 용기(Cell-Free DNA BCT) 는 채혈 후 <1, 3, 7, 14일 동안 실온에서 보관한 후 cfDNA를 추출 하였다. 폐암 환자에서 EGFR 유전자(엑손 18-21) 변이 여부를 검사 하였다. 혈장 분리 시간이 cfDNA 추출에 미치는 영향을 평가하기 위해 다섯 명의 건강인을 대상으로 K2-EDTA 전혈을 6, 12, 24시간 동안 냉장 보관한 후 혈장을 분리하여 cfDNA를 추출하였다. 결과: 건강인과 폐암 환자 모두 냉장 보관된 K2-EDTA 혈장 검체는 48시간까지 cfDNA 양과 핵산의 크기에 차이가 없었다. BCT 검체 용기는 건강인과 폐암 환자 모두 7일까지 cfDNA의 양과 핵산의 크기에 차이가 없었으나, 14일째에는 유전체 DNA의 오염으로 인해 cfDNA 양이 증가하였다. EGFR 유전자 변이는 냉장 보관된 K2EDTA 혈장 검체에서 48시간까지, 실온 보관된 BCT 검체 용기는 14일까지 검출되었다. 냉장 보관된 K2-EDTA 전혈 검체에서 24시간 이상 혈장 분리가 지연된 경우 cfDNA의 양이 증가하였다. 결론: cfDNA 추출 성능은 검체 용기 종류와 검체 보관 조건에 영향을 받을 수 있다.
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